تولد ايشان در سال 15 و يا 17 ه.ق. مي باشد. محمد فرزند گرامي و عظيم الشأن امام علي بن ابيطالب عليه السلام است و او را به جد مادريش «حنفيه» نسبت مي دهند. نام مادرش «خولة» دختر جعفر بن قيس... بن حنفيه بود. روزي علي عليه السلام به پيامبر صلي الله عليه و آله و سلم عرض کرد: اگر خداوند، پسري به من داد اجازه مي فرماييد نام شما را بر او بگذارم؟ پيامبر فرمود: آري. و در روايت ديگر چنين است که پيامبر به علي عليه السلام فرمود:

«ان ولدت منک غلاما فسمه باسمي و کنه بکنيتي، فولد له بعد موت فاطمة عليهاالسلام، غلاما فسماه محمد و کناه ابوالقاسم». اگر پسري از تو بوجود آمد نام او را نام من و کنيه اش را کنيه ي من بگذار. سپس خداوند بعد از شهادت حضرت فاطمه عليهاالسلام فرزندي عنايت فرمود که نامش را محمد و کنيه اش را ابوالقاسم نهاد.

از امام رضا عليه السلام است که فرمود: «کان اميرالمؤمنين، يقول: (ان المحامدة تابي ان يعصي الله عزوجل، قلت: من المحامده؟! قال: محمد بن جعفر و محمد بن ابي بکر و محمد بن ابي حذيفه و محمد بن اميرالمؤمنين ابن الحنيفة رحمة الله.»

اميرمؤمنان علي عليه السلام مي فرمود: همانا محمدها، نمي گذارند که نافرماني خدا انجام گيرد. راوي پرسيد محمدها کيانند؟!. امام هشتم عليه السلام فرمود: محمد بن جعفر و محمد بن ابي بکر و محمد بن حذيفه و محمد بن اميرالمؤمنين عليهم السلام.

مرحوم مجلسي، در ذکر ماجراي


حرکت امام حسين عليه السلام از مدينه به مکه و از مکه به کربلا روايتي دارد که مي تواند جواب مناسبي براي علت نيامدن محمد بن حنفيه به کربلا باشد. ايشان پس از قتل درخواست محمد حنفيه از امام حسين عليه السلام براي صرف نظر از سفر به عراق مي نويسد: «امام حسين عليه السلام در جواب محمد حنفيه فرمود»: «... من آماده ي حرکت به سوي مکه هستم و همه ي خانواده و برادران و خواهران و برادرزاده ها و شيعيانم با من همراهند و امر آنان به دست من است»... «و اما انت يا اخي، فلا، عليک ان تقيم بالمدينة فتکون لي عينا، لا نخفي عني شيئا من امورهم...؛ اما تو اي برادرم، لازم نيست مرا همراهي کني بلکه در مدينه بمان و به عنوان چشم (و خبر رسان) من باش و اوضاع مدينه را به اطلاع من برسان...».

قال الصادق عليه السلام: «ما مات محمد بن الحنفيه حتي اقرت لعلي بن الحسين عليه السلام و کانت وفاة محمد بن الحنفية سنة اربع و ثمانين من الهجرة». امام صادق عليه السلام فرمود: محمد حنفيه نمرد مگر آنکه به امامت علي بن الحسين عليه السلام اقرار و اعتراف داشت و وفات او در سال 84 ه.ق بود.

امام باقر عليه السلام فرمود: «... در بيماري محمد حنفيه من در کنارش بودم و خودم چشم او را بستم و غسلش دادم و کفنش کردم و نماز بر او خواندم و او را به خاک سپردم».