اولين بار بني اسد پس از دفن اجساد شهدا و پيکر سيد الشهدا، علامتي بر قبر نهادند.از اينکه توابين در سالهاي 63 يا 64 بر سر قبر امام حسين مي آمدند، مي فهميم که آن هنگام، آشنا و شناخته شده بوده است.بنا به تشويق اولياء دين، مدفن آن حضرت از همان آغاز، مورد زيارت شيعه قرار گرفت، چه پنهاني و چه آشکار.

در زمان بني اميه، قبه اي بر قبر شريف ساخته شد و تا زمان هارون الرشيد باقي بود.

وي قبر را خراب و محل آن را صاف کرد و درخت سدري را که (به نشانه قبر) در آنجا بود. قطع کرد.بار ديگر در زمان مامون ساخته شد.سپس در سال 236 و 237 هجري به دستور متوکل عباسي، قبر و خانه هاي اطراف آن خراب شد و به جاي آن زراعت کردند و مانع رفت و آمد مردم شدند.باز هم در سال 247 به دستور متوکل قبر را خراب کردند و چندين نوبت ديگر اين تخريب انجام گرفت.بناي فعلي مرقد و حرم سيد الشهدا به قرن هشتم هجري برمي گردد.البته بارها مرمتها و اضافاتي انجام گرفته است.در سال 1216 هجري وهابيها با سپاهي از منطقه نجد حمله کرده و حرم حسيني را غارت و تخريب کردند و اسبها را در صحن مطهر بستند. در سال 1221 ق نيز حمله ديگري کردند. [1] حمله اي هم در زمان سلطان عبدالحميد (سال 1258) به دست نجيب پاشا انجام شده است. [2]