پيروزي انقلاب اسلامي وتشكيل حكومت اسلامي در حقيقت پيوند دو نهاد دين و سياست در صحنه بوده است اين حقيقت حاصل تلاش سيدالشهداء در مبارزه با بدعت هاي اموي بود كه آنها اصل وحدت يافته دين و سياست را از محور حقاني وجود مبارك امام خارج ساخته و در اختيار انسان پليدي هم چون معاويه نهاده و او را ملقب به اميرمؤمنان نموده بودند. حضرت ، ضمن قيام و افشاي جوهره كفر اموي در صدد درهم شكستن تنديس پا گرفته رذالت در پوشش فضليت بود. لذا باشهامت و قدرت تمام ،خروش برآورد: «الا و ان الدعي بين الدعي قد ركز بين اثنتين بين السله و الذله هيهات منّا الذله ».

بررسي دوران حضرت سيدالشهداء به خوبي بيان گر اين حقيقت است كه مهم ترين علل انحطاط وسقوط جامعه برداشت نادرست از دين و فهم غلط معارف اسلامي است . عواملي كه به بروز كژ انديشي هاو گرايش هاي قبليه اي منتهي گرديد و موجباتي را فراهم آورد تا كساني به مصادر خلافت دست يابند كه دين را وسيله توجيه حكومت و اهداف فردي و قومي خويش قرار دهند.

امام خميني (ره) با بهره گيري از اين حركت تاريخي به تلفيق دو نهاد پرداخت و عامل سعادت جامعه را در يكسان انگاري اين دو مقوله مي ديد:

«اين يك نقش شيطاني بوده است كه از زمان بني اميه و بني عباس طرح ريزي شده است وبعد از آن هم هر حكومتي كه آمده است ، تأييد اين امر را كرده است و اخيراً هم كه راه شرق وغرب به دولت هاي اسلامي باز شده ، اين امر در اوج خودش قرارگرفته كه اسلام يك مسئله شخصي بين بنده وخداست وسياست ازاسلام جداست و نبايد مسلمان در سياست دخالت كند و نبايد روحانيون وارد سياست بشوند.»

رواج انديشه جدايي دين از سياست به دليل اين كه هر گونه مسئوليت اعتقادي و اجتماعي را از افراد سلب مي كرد با روحيه تسامح و راحت طلبي نيز سازگاري داشت و بسياري از افراد براي حفظ منافع شخصي خود از هر گونه انديشه اي كه به تغيير وضع موجود منتهي گردد احتراز مي كردند. لذا نقشه هاي شيطاني حكومت از يك سو و تسامح و راحت طلبي از سوي ديگر موجب شد تا اعتقادات ديني نقش مؤثري در اعمال اجتماعي - سياسي مردم نداشته باشند و از قيام براي خدا در جامعه اسلامي غفلت گردد.امام خميني (ره) در اين زمينه مي فرمايد:

«خودخواهي و ترك قيام براي خدا ما را به روزگار سياه رساند و همه جهانيان را برما چيره كرده و كشورهاي اسلامي را زير نفوذ ديگران در آورده ».

بنابراين در انديشه احيايي امام خميني (ره)، دين و سياست آن چنان در هم تلفيق و تركيب شده اند كه يك واحد شخصي منسجم به وجود مي آورد. در چنين ديدگاهي دين منهاي سياست و ولايت ، جسدي بي جان و بي فروغ است :

«اين را كه ديانت بايد از سياست جدا باشد و علماي اسلام در امور اجتماعي و سياسي دخالت نكنند، استعمارگران گفته و شايع كرده اند. اين را بي دين ها مي گويند، مگر زمان پيغمبر اكرم (ص) سياست از ديانت جدا بود؟ مگر در آن دوره عده اي روحاني بودند وعده ديگر سياست مدار و زمام دار؟ مگر زمان خلفاي حق يا ناحق ، زمان خلافت حضرت امير (ع) سياست از ديانت جدا بود؟ دو دستگاه بود؟ اين حرف ها را استعمارگران و عمال سياسي آنها درست كرده اند، تا دين را از تصرف امور دنيا و از تنظيم جامعه مسلمانان بركنار سازند و ضمناً علماي اسلام را از مردم و مبارزان راه آزادي و استقلال جدا كنند و در اين صورت مي توانند بر مردم مسلط شده و ثروت هاي ما را غارت كنند. منظور آنهاهمين است .»