و قد ظهر شمر ثانية بعد هلاك يزيد و هروب ابن زياد من البصرة الي الشام، و بعد أن صحت الكوفة علي صيحات التوابين و ثورة المختار بن عبيد الثقفي؛ و كان الثأر للحسين عليه السلام و أصحابه هو هاجس الثوار و مطلبهم الأول.

و قد أدرك شمر أن الثورا لابد أن تطاله قبل أن تطال غيره، فحاول مع بقية الاشراف و شيوخ القبائل الذين انحازوا للنظام الأموي أو يوحدوا صفوفهم و يتصدوا للثوار فعندما حدد المختار موعدا لثورته، و كان علي الكوفة عبدالله بن مطيع، من قبل ابن الزبير و ذلك عام 66. رأي أشراف الكوفة ممن اشترك بقتل الحسين عليه السلام و أصحابه أن يعلنوا ولاءهم للنظام الزبير لكي يحموا أنفسهم من الثوار المطالبين بدمهم؛ و كان شمر بن ذي الجوشن أحد هؤلاء، فقد بعثه ابن مطيع (في جماعة من أهل الطاعة) الي جبانة سالم لكي يتصدوا للمختار، (و أقبل شمر بن ذي الجوشن في الفين، فسرح المختار اليه سعيد بن منقذ الهمداني فواقعه) [1] و قد هزمه ابراهيم بن الأشتر مع من هزم من القادة الآخرين أمثال مجار بن أبجر و شبث بن ربعي


و محمد بن الاشعث و عمرو بن الحجاج و غيرهم، و قد سيطر المختار بعدها علي الكوفة.

و قد استغل هؤلاء خروج ابراهيم من الكوفة الملاقاة جيش ابن زياد (و أجمع رأي اشراف الكوفة علي قتال المختار) [2] ، و حاولوا استمالة الاشراف الآخرين الي جانبهم و حاولوا تحريضهم علي المختار.. و كان شمر في مقدمة المحرضين مع شبث بن ربعي و محمد بن الاشعث و عبدالرحمن بن سعيد بن قيس، (و خرج شمر بن ذي الجوشن حتي نزل بجبانة بني سلول في قيس) [3] ثم أنه (أتي أهل اليمن فقال لهم: أن اجتمعتم في مكان نجعل فيه مجنبتين و نقاتل من وجه واحد فانا صاحبكم، و الا فلا، و الله لا أقاتل في مثل هذا المكان في سكك ضيقة و نقاتل من غير وجه، فانصرف الي قومه في جبانة بني سلول) [4] ، غير أن المختار فوت عليهم الفرصة ثانية و استدعي الي الكوفة ثانية و وحد قواته في وجوههم و هزمهم شر هزيمة.

و قد حاول شمر الهرب الي مصعب ابن الزبير في البصرة، و يبدو أنه اراد أن يحمي نفسه بكل طريقة و قد وجد في عدو المختار ملاذا حاول أن يلجأ اليه بحجة خدمته و الحرب تحت لوائه.