ميان اهل خبر و سير در باب دفن سر مقدس حضرت سيد الشهداء اختلاف است برخي معتقدند پس از آنكه يزيد پليد چند روز سر مطهر را در درب دروازه شام آويخت حكم كرد آن سر را در خزانه نهادند و همچنان سر در خزانه بني اميه بود تا زمان سليمان عبدالملك، او سر را خواست و آوردند، هنوز معطر و منور بود دستور داد صندوق كوچكي ساختند و آن سر را در آن نهادند طيب و عطر بر آن افشانده، كفن كردند و نماز بر آن خوانده و در مقبره مسلمين دفن كردند و در زمان عمر بن عبدالعزيز وي احوال آن سر منور را پرسيد گفتند در مقبره مسلمانان دفن شده حكم كرد قبر را نبش كردند و سر را بيرون آورده به كربلا فرستاد و در آنجا دفن كردند.

ابوريحان بيروني در كتاب آثار الباقيه مي گويد:


در بيستم ماه صفر سر مطهر امام حسين عليه السلام به بدن شريفش ملحق شد.

از منصور بن جمهور نقل شده كه گفت داخل خزينه يزيد بن معاويه شدم سر مطهر امام حسين عليه السلام را در آنجا ديدم كه معطر و منور بود به غلام خود گفتم پارچه اي بياور، آورد سر را كفن كردم و در نزد باب الفراديس نزديك برج سوم در جانب شرقي دفن نمودم.

پاره اي مي گويند: آن سر مطهر در نزد قبر اميرالمؤمنين عليه السلام مدفون است و اعتقاد اماميه بر آن است كه سر مطهر بالاخره به بدن شريف ملحق شد و الله العالم.

تمام شد كتاب شريف از مدينه تا مدينه مشتمل بر شرح احوالات خامس آل عبا سلام الله تعالي عليه در شب دوم ماه ذيقعدة الحرام سنه 1420 هجري قمري به دست ناتوان بنده كمترين سيد محمد جواد ذهني تهراني نزيل قم المشرفه و از خداوند منان درخواست مي كنم كه اين خدمت ناچيز و ناقابل را از بنده كمترين به شايستگي قبول فرموده و آن را ذخيره براي يوم المعاد منظور نمايد

به محمد و آله الطاهرين آمين يا رب العالمين