مرقد شريف سر مقدس حضرت يحيي علي نبينا و آله و عليه السلام در اين مسحد است. و امام مرقد بدن شريف آنحضرت طبق آنچه تاريخ منتخبات التواريخ مي نويسد در مسجد دلم در يكي از نواحي دمشق به نام زبداني است.

صاحب تاريخ فوق، از زيد بن واقد نقل مي كند كه من هنگامي كه مي خواستند مسجد دمشق را بنا كنند، سر مبارك حضرت يحيي عليه السلام را مشاهده كردم، كه از زير يكي از اركان قبه مسجد بيرون آوردند و پوست صورت آن حضرت و حتي موي سر مبارك تغييري نكرده بود. و هم در آن كتاب است كه زيد بن واقد گويد: موقعي كه مسجد جامع دمشق را مي ساختند من از طرف وليد سر كارگر بودم، ناگاه گودالي باز شد، و غاري نمايان گشت. جريان را به وليد گزارش داديم، چون شب فرا رسيد وليد خودش در حاليكه پيشاپيش او شمع گرفته بودند آمد و به اندرون آن غار رفت، ديديم كه كنيسه و نماز خانه كوچكي است به مساحت 3 ذرع و در 3 ذرع، و صندوقي آنجاست، وليد در صندوق را گشود، در ميان آن صندوق سبدي بود كه در ميان آن، سر حضرت يحيي عليه السلام بود، و بر آن سبد نوشته بود: «هذا راس يحيي بن زكريا» وليد دستور داد كه سر مقدس را به جايگاهش بر گردانند، و ستوني راكه بر قبر مي گذارند با بقيه ستونها امتيازي داشته باشد. [1] .

يحيي عليه السلام اين بنده صالح خدا فرزند زكرياست، كه خداي تعالي او را در سن پيري، زكريا، به وي عطا فرمود چنانچه آيات اول سوره مريم به آن اشاره مي كند: «كهيعص - ذكر رحمه ربك عبده زكريا...) الايات. [2] .

اين بزرگوار در دوران كودكي به مقام بزرگ نبوت نائل آمد «...واتيناه الحكم صبيا» [3] .

و آنقدر در نزد خداي تعالي مقام و منزلت داشت كه امام محمد باقر عليه السلام بر حسب روايت كافي شريف فرمود: هر وقت خداي تعالي را مي خواند، جواب «لبيك يا يحيي» از خداوند مي شنيد.

او با اين مقام ارجمند آنقدر از خوف خداي تعالي گريست كه گوشت گونه هاي صورتش فرو ريخت پاره نمدي بر صورت خود مي گذاشت تا اشك چشمهايش را به خود بگيرد و بر صورت مباركش جاري نشود، كه اشك نمكين است و سوزش زخم را مي افزايد. [4] .

بجز مرقد مطهر سر حضرت يحيي عليه السلام در مسجد جامع دمشق قبور ديگري نيز از انبيا عليه السلام است كه تاريخ منتخب التواريخ از صاحب روضه الانام نقل مي كند كه گفته است قبر حضرت هود عليه السلام در ديوار جنوبي مسجد جامع دمشق است، مقابل سر مبارك حضرت يحيي عليه السلام، ولي نشانه ظاهري ندارد. و هم او گفته است كه شمار زيادي از مورخين دمشق اين مطلب را ذكر كرده اند.