جعفر دو سال پس از برادرش عثمان به دنيا آمد، مادرش فاطمه ام البنين (ع) است دوران زندگي را به مدت 2 سال با پدرش علي (ع) و 12 سال با برادرش امام حسن (ع) و 21 سال با برادرش امام حسين (ع) سپري نمود پس در حادثه کربلا سن شريف او 21 سال تمام بوده است روايت شده است اميرالمؤمنين (ع) به واسطه علاقه و محبتي که به برادرش جعفر داشت، او را هم جعفر ناميد.

مورخان نوشته اند: «وقتي که عبدالله و عثمان برادران مادر و پدري او به شهادت رسيدند، امام حسين (ع) جعفر را خواست و گفت به کارزار بشتاب تا ترا مانند دو برادرم شهيد ببينم و شهادت ترا نيز مانند شهادت دو برادر ديگرم به حساب خدا بگذارم زيرا شما فرزندي نداريد، جعفر به ميدان شتافت و به دشمن حمله آغاز نمود شمشير مي زد و رجز مي خواند.

ابوالفرج گويد: خولي بن يزيد اصبحي به او حمله کرد و او را به شهادت رساند ولي ابومخنف از مقتل نگاران نخستين اعتقاد دارد که «هاني بن ثبيت» همان قاتل برادرش به او حمله کرد و او را به شهادت رساند.