روز يازدهم محرم سال 61 هجري تمام سرهاي شهدا كه قريب به هفتاد سر بود را از بدن ها جدا نمودند. و به توسط شمر و عمرو بن حجاج و خولي و حميد بن مسلم و ديگران به كوفه فرستادند.

ابن زياد نيز سرهاي شهدا را با حضرت زين العابدين و ساير اسرا توسط شمر و افراد ديگر به طرف شام براي يزيد بن معاويه فرستاد.

در مورد محل دفن سر مطهر سيدالشهدا پنج قول است:

1 - سر مقدس حضرت ابي عبدالله را يزيد براي عمرو بن سعد به مدينه فرستاد و در بقيع نزد مادرش حضرت فاطمه دفن نمود.

2 - آن سر مقدس را سه روز در دمشق مصلوب نمودند، بعد در خزينه بني اميه گذاردند تا زمان خلافت سليمان بن عبدالملك بن مروان، سپس وي آن سر مطهر را در باب قراديس شام دفن نمود.

3 - سر مطهر سيدالشهدا را در بالاي سر پدرش اميرالمؤمنين در نجف اشرف دفن كردند. لذا زيارت آن سر مبارك در بالاي سر حضرت علي مستحب است.

5 - حضرت امام سجاد عليه السلام آن سر مطهر را از شام به كربلا آورد و به بدن شريف آن حضرت ملحق ساخت. كه اين قول مشهور بين علماي شيعه است. [1] .

در مورد سر مطهر ساير شهداي كربلا نيز، مي گويند امام سجاد عليه السلام جميع سرهاي آنها را از يزيد گرفت و در كربلا به بدنهاي آنها ملحق كرد.

قول ديگر اين است كه سرهاي ديگر شهدا را در قبرستان شام دفن نمودند. كه فعلا نيز در قبرستان شام قبه عاليه اي است كه منسوب به رؤوس شهداي كربلا است و دوستان اهل بيت عصمت و طهارت در آنجا به زيارت اين سرهاي مطهر مي روند. [2] .