اولين بار بني اسد پس از دفن اجساد شهدا و پيكر سيد الشهدا، علامتي بر قبر نهادند.از اينكه توابين در سالهاي 63 يا 64 بر سر قبر امام حسين مي آمدند، مي فهميم كه آن هنگام، آشنا و شناخته شده بوده است.بنا به تشويق اولياء دين، مدفن آن حضرت از همان آغاز، مورد زيارت شيعه قرار گرفت، چه پنهاني و چه آشكار.

در زمان بني اميه، قبه اي بر قبر شريف ساخته شد و تا زمان هارون الرشيد باقي بود.

وي قبر را خراب و محل آن را صاف كرد و درخت سدري را كه (به نشانه قبر) در آنجا بود. قطع كرد.بار ديگر در زمان مامون ساخته شد.سپس در سال 236 و 237 هجري به دستور متوكل عباسي، قبر و خانه هاي اطراف آن خراب شد و به جاي آن زراعت كردند و مانع رفت و آمد مردم شدند.باز هم در سال 247 به دستور متوكل قبر را خراب كردند و چندين نوبت ديگر اين تخريب انجام گرفت.بناي فعلي مرقد و حرم سيد الشهدا به قرن هشتم هجري برمي گردد.البته بارها مرمتها و اضافاتي انجام گرفته است.در سال 1216 هجري وهابيها با سپاهي از منطقه نجد حمله كرده و حرم حسيني را غارت و تخريب كردند و اسبها را در صحن مطهر بستند. در سال 1221 ق نيز حمله ديگري كردند. [1] حمله اي هم در زمان سلطان عبدالحميد (سال 1258) به دست نجيب پاشا انجام شده است. [2]