و احمد بن عبيدالله و ديگران به سندهاي خود روايت كرده اند كه سبب گرفتاري موسي بن جعفر عليه السلام اين شد كه هارون پسرش محمد (امين) را براي تعليم به جعفر بن محمد ابن اشعث سپرد، يحيي بن خالد برمكي به جعفر حسد برد و با خود گفت: اگر خلافت به محمد امين برسد وزارت از دست من و فرزندانم بيرون خواهد رفت [1] ، از اين رو درصدد برآمد تا به وسيله اي دست جعفر بن محمد بن اشعث را كوتاه كند، و جعفر از كساني بود كه قائل به امامت موسي بن جعفر عليه السلام بود، يحيي بدين منظور باب دوستي و مراوده را با جعفر باز كرد بسيار به خانه اش مي رفت و خصوصيات زندگي و كارهاي او را با اضافاتي كه براي كارگر شدن در دل هارون خود بر آن مي افزود، هر روزه به هارون گزارش مي داد: تا اينكه روزي به برخي از نزديكان خود گفت: آيا مرد تنگدستي از خاندان ابيطالب سراغ نداريد كه من به وسيله او اطلاعاتي از وضع موسي بن جعفر كسب كنم؟ علي بن اسماعيل بن جعفر بن محمد را به او معرفي كردند، و علي بن اسماعيل كسي بود كه موسي بن جعفر با او اُنس داشت و بدو احسان مي فرمود و گاه گاهي اسرار خود را بدو باز مي گفت.

يحيي بن خالد مالي براي علي بن اسماعيل فرستاد (و او را به رفتن به بغداد تشويق كرد) و چون آماده رفتن به بغداد شد و خواستند او را بدانجا بفرستند، حضرت موسي بن جعفر عليه السلام مطلع شده، او را طلبيد و بدو فرمود: اي برادرزاده به كجا مي روي؟ پاسخ دادن به بغداد. حضرت پرسيد: براي چه مي روي؟ گفت: من بدهكارم و خود مردي فقير هستم. حضرت فرمود: من بدهي تو را مي پردازم و زياده بر آن نيز به تو خواهم داد و وعده هاي ديگري هم بدو داد. علي بن اسماعيل اعتنايي نكرد و آماده حركت شد، موسي بن جعفر كه تصميم او را دانست او را خواسته و بدو فرمود تو تصميم رفتن داري؟ گفت: آري، چاره اي ندارم. حضرت بدو فرمود: اي برادرزاده نگران باش و از خدا بترس، كودكان مرا يتيم مكن. و در پايان سخنان دستور داد سيصد دينار اشرفي و چهار هزار درهم ديگر نيز به او بدهند.

علي بن اسماعيل به بغداد آمد و يحيي بن خالد وضع موسي بن جعفر را از او تحقيق كرد و با اضافاتي كه خود بر آن نمود همه را به هارون گزارش داد، آنگاه خود علي بن اسماعيل را به نزد هارون برد، هارون احوال عمويش ‍ (موسي بن جعفر) را پرسيد و او زبان به سعايت و بدگويي آن حضرت گشود و آنچه يحيي بن خالد گفته بود همه را بازگفته و بر آن افزوده و گفت: اموالي از مشرق و مغرب برايش مي آورند و او خانه هاي مخصوص جمع اموال دارد كه آنها را در آن خانه ها نگهداري مي كند. و مزرعه اي را به سي هزار دينار خريد و آن را يسيره نام نهاد، و چون سي هزار دينار را به نزد صاحب آن مزرعه بردند گفت: من اين سكه را نمي خواهم و بايد دينارهايي را كه مي خواهيد به من بدهيد، سكه اش چنين و چنان باشد، موسي بن جعفر دستور داد آن دينارها را برگرداندند و سي هزار دينار ديگر به همان اوصافي كه صاحب مزرعه خواسته بود بدو داد.

هارون اين سخنان را شنيد و حواله داد دويست هزار درهم بدو بدهند كه آن را از برخي نقاط شرق دريافت كند، فرستادگان علي بن اسماعيل براي دريافت پول رفتند، علي بن اسماعيل همان طور كه در انتظار رسيدن پولها به سر مي برد، ناگهان به اسهالي، دچار شد كه تمام روده هاي او از دبرش بيرون آمد، و (نزديكانش كه از اين جريان مطلع شدند) هر چه خواستند او را معالجه كنند نشد و به حال مرگ افتاد و در همان حال مشغول جان كندن بود آن اموال بيامد، علي بن اسماعيل با (حسرتي فراوان بدانها نگريست و) گفت: من كه در حال مردن هستم اينها را براي چه كار مي خواهم!

از آن طرف هارون در آن سال به حج رفت و ابتدا به مدينه طيبه وارد شد و مقابل قبر رسول خدا صلي الله عليه و آله آمده گفت: اي رسول خدا من از تو درباره كاري كه اراده انجام آن را دارم پوزش مي طلبم، من مي خواهم موسي بن جعفر را به زندان بيفكنم چون او مي خواهد ميان امت تو اختلاف و تفرقه ايجاد كند و خون آنها را بريزد.

آنگاه دستور داد آن حضرت را در حالي كه در مسجد مدينه بود دستگير ساختند و به نزد او بردند و در كند و زنجير بستند، سپس دو محمل ترتيب داد كه اطراف آنها پوشيده بود و موسي بن جعفر را در يكي از آنها جاي داد و آن دو را به سوي كوفه فرستاد و اين كار را بدان جهت كرد كه مردم ندانند موسي بن جعفر را به كجا برده اند و البته موسي بن جعفر در آن محملي بود كه به سوي بصره بردند، و هارون به فرستاده خود دستور داد او را در بصره به عيسي بن جعفر بن منصور تسليم كن.

عيسي بن جعفر يك سال آن حضرت را در نزد خود زنداني كرد و پس از آن به هارون نوشت موسي بن جعفر را از من بگير و به هر كه مي خواهي تسليم كن، وگرنه من او را رها مي كنم، چون در اين مدت هر چه خواسته ام بهانه اي براي زندان كردن و نگاه داشتنش به دست بياورم نتوانسته ام، حتي اينكه من گوش داده ام ببينم آيا در دعاهاي خود به من يا به تو نفرين مي كند، چيزي نشنيده ام جز آنكه براي خود دعا مي كند و از خدا رحمت و آمرزش مي خواهد.

هارون كسي را فرستاد تا آن حضرت را از او گرفته و به بغداد بردند و در نزد فضل بن ربيع زنداني كردند و روزگاري در نزد فضل زنداني بود و در اين مدت هارون خواست به دست او آن حضرت را به قتل برساند ولي او از اين كار امتناع ورزيد. از اين رو دستور داد او را به فضل بن يحيي تسليم كند، و چون از فضل بن يحيي نيز خواست تا اين كار را انجام دهد او نيز تن در نداد و سرباز زد و در خون آن حضرت شركت نجست.

از سوي ديگر به هارون خبر دادند كه موسي بن جعفر در خانه فضل بن يحيي در خوشي و آسودگي به سر مي برد، و اين خبر زماني به گوش هارون رسيد كه در رقه [2] به سر مي برد، در همان حال مسرور خادم مخصوص خود را به سرعت به سوي بغداد فرستاد (و دو نامه سربسته نيز بدو داد) و او را مأمور ساخت كه به محض ورود به بغداد يكسره به خانه فضل بن يحيي برود و بنگرد كه وضع موسي بن جعفر چگونه است، اگر ديد همان طور كه بدو خبر داده بودند در رفاه و آسايش به سر مي برد، نامه اي را به عباس بن محمد بسپارد و دستور او را امتثال نمايد، و نامه ديگري هم به سندي بن شاهك بدهد و بدو دستور دهد تا فرمان عباس بن محمد را اطاعت نمايد.

موسي به بغداد آمد و يكسره به خانه فضل بن يحيي رفت و كسي نمي دانست چه منظوري دارد، و همان طور يكسره به نزد موسي بن جعفر رفت و مشاهده كرد همان طور كه به هارون خبر داده اند در رفاه و آسايش به سر مي برد، فورا از آنجا خارج شد و به نزد عباس بن محمد و سندي بن شاهك رفت و نامه را به دست آن دو داد، طولي نكشيد كه مردم ديدند فرستاده اي به سرعت از نزد عباس بن محمد به خانه فضل بن يحيي رفت و فضل وحشت زده و هراسان با فرستاده عباس سوار شد و به خانه او رفت، عباس دستور داد تخته شلاق را حاضر كنند، سندي بن شاهك فورا حاضر ساخت و عباس دستور داد فضل بن يحيي را برهنه كردند و صد تازيانه بر او زدند.

مردمي كه در بيرون خانه بودند فضل بن يحيي را ديدند كه رنگ پريده و بي حال از خانه عباس بيرون آمد و به هر كس كه در سمت چپ و راست كوچه مي ديد، سلام مي كرد.

پس از انجام اين كار مسرور جريان را براي هارون نوشت، هارون فرمان داد موسي بن جعفر را به سندي بن شاهك بسپارند، و خود مجلسي ترتيب داد و گروه بسياري را در آنجا حاضر ساخت، آنگاه گفت: اي مردم، همانا فضل بن يحيي با دستور من مخالفت كرده و از فرمان من سرپيچي نموده است و من در نظر گرفته ام او را لعنت كنم، شما هم او را لعنت كنيد. مردم از گوشه فريادها را به لعنت فضل بلند كردند،. بدانسان كه بارگاه هارون به لرزه افتاد.

اين خبر به گوش يحيي بن خالد (پدر فضل) رسيد بي درنگ سوار شده بود به نزد هارون آمد واز در خصوصي، غير از آن دري كه معمولا مردم وارد قصر مي شوند، وارد قصر گرديد، و همچنان كه هارون بي خبر نشسته بود از پست خود را بدو رسانده گفت: اي اميرالمؤمنين به سخن من گوش فرادار.

هارون هراسان شده رو به سوي او بازگرداند، يحيي گفت: قربان! فضل جواني تازه كار است و من منظور تو را انجام خواهم داد [3] ، هارون كه اين سخن را شنيد چهره اش از هم باز شد و خوشحال گشت، يحيي گفت: اي اميرالمؤمنين تو با لعنتي كه به فضل كردي شخصيت او را لكه دار ساختي استدعا دارم كه با پاك كردن اين لكه شخصيت او را بدو بازگرداني. هارون رو به مردم كرده گفت: همانا فضل بن يحيي در كاري مرا نافرماني كرد و من او را لعنت كردم و اكنون توبه كرده و فرمانبرداري خود را ابلاغ داشت، پس شما وي را دوست بداريد.

مردم همگي گفتند: ما دوست مي داريم هر كه را تو دوست بداري و دشمن داريم هر كه را تو دشمن داري، و ما اينك او را دوست داريم.

يحيي بن خالد با شتاب از قصر سلطنتي رقه بيرون آمد و خود را به بغداد رسانيد، مردم درباره ورود ناگهاني يحيي هر كدام سخني گفتند ولي خود يحيي چنين وانمود كرد كه براي سر و صورت دادن وضع شهر و سركشي به كارهاي عمال و حكام به بغداد آمده و او (براي انحراف اذهان مردم از منظور اصلي كه قتل موسي بن جعفر عليه السلام بود) چند روزي به پاره اي از كارها پرداخت. آنگاه سندي بن شاهك را طلبيد و دستور قتل آن حضرت را به او داد، سندي نيز موسي بن جعفر را در فرشي پيچيد و فراشهاي مسيحي مذهب بر روي آن فرش نشستند و بدين ترتيب آن بزرگوار را شهيد كردند. [4] .

و چون هنگام مرگ آن حضرت فرارسيد به سندي بن شاهك دستور داد كار غسل او را به يكي از دوستان آن حضرت كه خانه اش در مشرعة القصب نزديكي خانه عباس بن محمد بود واگذار كند، سندي بن شاهك نيز همين كار را كرد.

سندي گويد: من از او خواستم كه اجازه دهد من از مال خود او را كفن نمايم، ولي او نپذيرفت و در پاسخ من فرمود:

انا اهل بيت مهور و نسائنا و حج صرورتنا و أكفان موتانان من طاهر اموالنا و عندي كفني

(ما خانداني هستيم كه مهريه زنانمان، و مخارج نخستين سفر حجمان (يعني حج واجب) و كفن مردگانمان همه از مال پاك خودمان است و كفن من همراهم موجود است)

و چون از دنيا رفت فقها و بزرگان اهل بغداد كه از آن جمله بود: هيثم بن عدي و ديگران را بر جنازه آن حضرت حاضر كردند كه گواهي بدهند او به مرگ طبيعي از دنيا رفته و آنها نيز نگاه كردند و چون اثري در بدن آن جناب نديدند بدان گواهي دادند.

آنگاه جنازه را بيرون آورده بر كنار جسر نهادند و در ميان مردم جار زدند كه: اين موسي بن جعفر است كه از دنيا رفته (و به مرگ طبيعي مرده است) بياييد و از نزديك او را بنگريد، مردم دسته دسته مي آمدند و به دقت به صورت آن حضرت نگاه مي كردند.

و در حديثي كه از بعضي از خاندان ابوطالب روايت شده چنين است: كه فرياد زدند: اين موسي بن جعفر است كه رافضيان خيال مي كردند او نمي ميرد، بياييد و او را ببينيد. و مردم به ديدن جسد آن حضرت آمدند.

و موسي بن جعفر را در قبرستان قريش دفن كردند، و قبرش كنار قبر مردي از نوفلين به نام عيسي بن عبدالله قرار گرفت. [5] .