برخي نوشته اند: هنگامي كه امام (عليه السلام) به ياران خود فرمود: از اين قوم بخواهيد جنگ متوقف شود تا نماز ظهر اقامه كنيم، يكي از لشكريان عمربن سعد بانگ برآورد: نماز شما مردود است! حبيب در پاسخ وي بر آشفت و گفت: نماز پسر پيامبر قبول نيست ولي نماز تو قبول است، اي دشمن خدا؟! در اين هنگام بود كه به حبيب حمله ور شدند و به شهادتش رساندند.


فقدان حبيب براي امام (عليه السلام) گران بود، لذا فرمود: «عِنْدَ اللهِ أَحْتَسِبُ نَفْسي وَ حُماة أَصْحابِي»؛ [1] «پاداش اين شهادت ها را از خدا مي گيرم»، پس از شهادت او امام در حقش فرمود: «للهِِ دَرُّك يا حَبِيب، لَقَدْ كُنْتَ فاضلاً، تَخْتِمُ الْقرآنَ في لَيْلَة واحِدَة»؛ [2] «خداوند تو را بيامرزد! انسان برجسته اي بودي كه در يك شب يك ختم قرآن مي كردي.».

مردي به نام «بديل بن صُريم تميمي» سر آن پير دلاور را جهت دريافت جايزه برگردن اسب خود آويخته بود ودر كوفه جولان مي داد، نوجواني را ديد كه وي را تعقيب مي كند. سبب را پرسيد. او پاسخ داد: اين سرِ پدر پيرم حبيب بن مظاهر است، آن را به من بده تا دفنش كنم. آن مرد گفت: نمي دهم؛ زيرا من بايد از عبيدالله جايزه دريافت كنم! [3] .