مرحوم آيت الله شوشتري، پس از انجام رسالت ديني و ارشاد مردم در شهرهاي مختلف ايران و زيارت هشتمين امام نور حضرت رضا عليه السلام در شور و شوق زيارت اميرمؤمنان علي عليه السلام، دگر باره راه عراق را در پيش گرفت، اما متأسفانه در منطقه ي غرب كشور و مرز كنوني ايران و عراق بيمار شد و پس از چند روز، سرانجام در تاريخ 28 صفر سال 1303 ه.ق، روح بلندآوازه و ملكوتي اش به جوار رحمت حق پر كشيد.پيكر مطهرش به وسيله ي ارادتمندان، به آستان سرور و سالارش، نخستين امام نور، حمل و در آنجا به خاك سپرده شد.