و في باخمري، و هي علي ستة عشر فرسخا من الكوفة - التقي جيش ابراهيم و جيش أبي جعفر بقيادة عيسي بن موسي، و في الجولة الاولي من المعركة، انهزم جيش العباسيين و لم يبق مع عيسي سوي عدد قليل من أصحابه. و قد عاد المنهزمون من وراء ظهر جيش ابراهيم بعد أن لم يستطيعوا عبور نهر عميق اعترضهم، فكر أصحاب ابراهيم عليهم، و حسب من كانوا بمواجهتهم أنهم فروا من القتال فعادوا لقتالهم ثانية و ارتفعت معنوياتهم... و قد قيل أن أعداء لابراهيم قدماء من آل طلحة، و هم أعداء ألداء لأهل البيت عليهم السلام، قد شقوا الماء عليهم، فأصبح أهل عسكره مرتطمين في الماء، فانهزموا أمام عدوهم الذي بدا يستعيد قواه و يستجمع شمله و لم يبق مع ابراهيم سوي عدد قليل قيل انهم كانوا خمسمائة و قيل أربعمائة و قيل انهم كانوا سبعين... و قد اشتد القتال (حتي قتل الفريقان بعضهم بعضا.. و جعلوا يقتتلون يومهم ذلك، الي أن جاء سهم غادر لا يدري من رمي به، فوقع في حلق ابراهيم بن عبدالله فنحره، فتنحي عن موقفه، فقال: أنزلوني فأنزلوه عن مركبه، و هو يقول: «و كان أمر الله قدرا مقدورا» أردنا أمرا و أراد الله غيره، فأنزل الي الأرض و هو مثخن، و اجتمع عليه أصحابه و خاصته يحمونه وي يقاتلون دونه..) [1] ، فشد عليهم أصحاب عيسي بن موسي فقاتلوهم أشد القتال حتي أفرجوهم عن ابراهيم، و خلصوا اليه فحزوا رأسه.. و مكث منذ خرج الي أن قتل ثلاثة أشهر الا خمسة أيام [2] .