سركوبي اشراف كوفه و جستجوي مختار براي يافتن كشندگان خاندان رسول الله (ص) موجب فرار اشراف و برخي از قاتلان به بصره شد. از جمله آنان محمد بن اشعث كندي و شبث بن رِبعي تميمي بودند كه با مصعب بن زبير عليه مختار ائتلاف كردند. آنها حتي افرادي را نيز فرستادند تا با تبليغ، مردم را از حمايت مختار باز دارند. تصرف سرزمين جزيره و گسترش اقتدار سياسي و نظامي مختار و تشويق اشراف كوفه، مصعب بن زبير را كه از سوي برادرش والي بصره شده بود، مصمم به نبرد با مختار كرد. مصعب سپاهي از قبايل مختلف عرب و فراريان (اشراف) كوفه فراهم ساخت و به سوي كوفه حركت كرد. مختار نيز سپاهي به شمار سي هزار نفر از اعراب و ايرانيان بسيج كرد و فرماندهي آن را به «احمر بن شميط احمسي» واگذاشت، زيرا ابراهيم بن مالك از مختار كناره گرفته بود. او كه اينك در موصل حاكميت يافته بود حاضر به بازگشت به كوفه براي حمايت از مختار نشد. دو سپاه در مَذار، واقع در ميسان بين واسط و بصره، روبه رو شدند. مصعب ياران مختار را به كتاب خدا و سنت پيامبرش و بيعت با عبدالله بن زبير به عنوان اميرالمؤمنين فرا خواند. ابن شميط نيز آنان را به كتاب خدا و سنت رسولش و بيعت با امير مختار و قرار دادن خلافت در خاندان رسول الله (ص) به شورا، فرا خواند. مصعب به سپاه مختار حمله كرد و آنان را شكست داد. احمر بن شميط به همراه بسياري از ياران خود كشته شدند و شمار زيادي از آنان فرار كردند. مصعب پس از پيروزي در مَذار از راه خشكي و رودخانه فرات به سوي كوفه حركت كرد. مختار نيز بقاياي سپاه خود را گرد آورد و به مقابله او رفت ليكن هنگامي كه نبرد در گرفت مختار شكست خورد و بيشتر فرماندهانش كشته شدند. مختار و بقيه يارانش به قصر پناه بردند و سرانجام با تعدادي از ياران خود از قصر بيرون آمدند و جنگيدند تا كشته شدند. مصعب به شش هزار نفر كه داخل قصر بودند امان داد و چون آنان بيرون آمدند به تحريك برخي از همراهان، دستور داد آنها را گردن زدند. [1] پس از كشته شدن مختار، ابراهيم بن مالك نيز با تقاضاي مصعب بدون مقاومت و اعتراضي به كوفه آمد و مصعب او را به گرمي پذيرفت [2] ولي هيچ گاه به مقام خود باز نگشت. با سقوط حكومت مختار در كوفه، عراق در قلمرو زبيريان قرار گرفت و هواخواهان ابن زبير در عراق به رهبري مصعب بن زبير حكومت را به چنگ آوردند. در نتيجه مبارزات شيعيان كه در عراق داراي اهميت بسزا بود به دليل عدم وجود فرماندهان لايق و جنگاوران تيز چنگ دوره اي از ركود نسبي را پشت سر نهاد ولي اين بدان معني نبود كه شيعيان نقش پيشتازانه خود را در انقلابات عراق فراموش كنند، بلكه مبارزات آنها تحت رهبري ها و اهداف مختلف ادامه يافت.