حضرت خضر نبي عليه السلام همواره در اين مسجد نماز مي گذاشت، در سمت شرقي قبله (جنوب شرقي) نزديك مناره شرقي بوده است، اكنون نزديك به محراب اصلي مسجد و به موازات مقام هود عليه السلام بر ديوار قبله عنوان «هذا مقام خضر النبي عليه السلام» بر تابلويي سبز ديده مي شود. شايان گفتن است در بسياري از نقاط سوريه مقام حضرت خضر عليه السلام ديده مي شود. آن حضرت بر اساس روايات تا ظهور حضرت حجه بن الحسن العسكري (عجل الله تعالي فرجه الشريف) زنده هستند، پس از ظهور حضرت او هم خواهد آمد و در پشت سر حضرت نماز خواهد خواند و يارانش را به ياري حضرت امام زمان (عجل الله تعالي فرجه الشريف) دعوت خواهد كرد.