شبستان كنوني مسجد، 15132 متر مربع وسعت دارد و داراي 44 ستون و 2 طبقه مي باشد. اين شبستان از سه قسمت تشكيل شده، كه قسمت وسط آن داراي گنبد بزرگي به نام «عقاب» است.

منبري در داخل مسجد وجود دارد كه معروف است حضرت امام سجاد زين العابدين عليه السلام خطبه خود را در زمان يزيد بن معاويه لعنه الله عليهما بر فراز منبري كه آن روز در محل آن قرار داشت، ايراد كرده است. همچنين در قسمت ديگري از داخل مسجد، گنبد كوچكي روي چهار ستون قرار دارد كه به مقام امام زين العابدين معروف است و گفته مي شود كه حضرت در آنجا استراحت مي كرده است.

در كنار مسجد ياد شده در قسمت شرقي مسجد، مقام راس الحسين عليه السلام قرار گرفته است كه زيارتگاه شيعيان مي باشد. [1] .