امام براي بار چندم هجرت كرد و اين آخرين هجرت او بحساب مي آيد. از آغاز، در مدينه بود. در عصر حكومت پدر به كوفه هجرت كرد، و در عصر صلح امام مجتبي از كوفه به مدينه، در جريان بيعت خواهي يزيد از مدينه به مكه هجرت فرمود و در جريان توطئه ترور از مكه به سوي كربلا عازم شد.

او قبل از هجرت اخير از آينده بني اميه كه قصد ريختن خون او را داشتند خبر داد و فرمود: اين قوم مسلما خوار و ذليل خواهند شد و شمشيرها كيفر آنان را خواهند داد و اينان از مردم سبا در تاريخ گذشته ذليل تر خواهند شد. [1] .

تاريخ خروج او را از مكه روز سه شنبه هشتم ذي حجه سال 60 نوشته اند كه حدود 38 روز بعد در كربلا به شهادت رسيد. البته برخي از مورخان روز سوم ذي حجه را ذكر كرده اند. [2] و برخي هفتم ذي حجه را [3] و برخي هم روز عرفه را كه بنظر ما بسيار بعيد است.