در اوج درگيريهاي شديد سياسي ميان طوايف و گروههاي گوناگون مذهبي و سياسي و ملي و نژادي لبنان با هم، و بحران ميان دولتهاي بزرگ كه براي خود حق قيمومت بر ملت لبنان قائل بودند، و كشمكش حكومتهاي دست نشانده ي آنان در لبنان از يكسو، و مردم لبنان از سوي ديگر بود كه علايلي در سال 1940 به ميهنش بازگشت، و ديد كه وظيفه ي اصليش، وي را به اقدام عليه قيم و حاكم دعوت مي كند، و از طرف ديگر خود را متعهد دانست كه مشعل فروزان آگاهي و روشنفكري را فراراه فرزندان ميهن نگاه دارد، و آنان را به پايداري در برابر ستم و طغيان و سركوبي و عقب ماندگي و ناداني - از هر سرچشمه و منبعي كه باشد - فراخواند. در نتيجه، شيخ سلاح نويسندگي به دست گرفت، و تحت عنوان كلي: اني أتهم (مساوي من متهم ميكنم) سلسله مقالات و كتابهايي سياسي نوشت.

علايلي در لبنان، همان مسيري را دنبال كرد كه در مصر در پيش گرفته بود، و مقصدش رفع آن ستم تاريخي ننگيني بود كه نسبت به امام حسين، از جهت رويارويي با يزيد بن معاويه، روا داشته شده بود، و هر يك از اين دو نفر نمونه اي از بشريت نقيض با يكديگر هستند؛ يكي در چكاد طهارت و صفا و ايمان نمايان در وجود امام حسين شهيد، و ديگري در پست ترين دركات رذيلت و گناه و پليدي مجسم در شخص يزيد. لذا شيخ تصميم گرفت از نماينده ي حقيقي طهارت و صفا و ايمان دفاع كند، و به نوشتن كتاب تاريخ الحسين دست يازيد كه


جلد دوم سمو الذات به حساب مي آيد.

در سال 1944 به نوشتن كتاب: المعري ذلك المجهول (مساوي ابوالعلاء معري شخصيت ناشناخته) دست زد كه در همان سال چاپ و منتشر شد، و چهار كتاب ديگر درباره ي معري نوشت كه به چاپ نرسيدند، و در همه ي اين كتابها كوشش دارد كه معري را، از جهت لفظ و معني، آنچنان كه هست بشناساند.

همين كه علايلي احساس كرد لبنان به طرف آزادي از سلطه ي فرانسه و استقلال گام برمي دارد، و از اين جهت خيالش راحت شد به فكر ازدواج افتاد، و در سال 1944 با دختري فاضل و دانشمند به نام «بهية مرعي» ازدواج كرد كه حاصل آن دو پسر و يك دختر مي باشد.

در سال 1947 به نوشتن سيره ي خديجه ام المؤمنين، به سبكي نو و ابتكاري، دست زد و آن را مثاهن الأعلي (مساوي برترين زن نمونه) ناميد.

در استمرار كتابهاي ديني - تاريخي چهار جلد كتاب درباره ي مبارزات و مرجعيت ديني و سياسي و اخلاقي امام علي نوشت، و طرحي مفصل براي نوشتن شرح حال هر يك از امامان دوازده گانه ي شيعه داشت. و در سال 1948 جلد سوم زندگينامه ي امام حسين او تحت عنوان: ايام الحسين منتشر شد. در همين زمينه ابوذر غفاري را نوشت و در آن تأكيد داشت كه اين شخص حزبي مستقل از حزب امام علي داشته است، اگر چه هدف هر دو حزب يكي بوده است، ولي از نظر اجرايي با يكديگر اختلاف داشته اند. و در همين مرحله است كه كتاب خدايي و دامنه ي قدرتش را درباره ي قدرت خداوند در آفرينش و ابداع نگاشت.

چند اثر ديگر علايلي در اين دوره عبارتند از:

شهيد قسطل در شرح حال سياسي و موضع گيريهاي عبدالقادر الحسيني (1908 - 1948 م.) و قهرمانيها و شهادتش در راه آزادي فلسطين.

شيوه ي بلاغت در نقد معنوي.

طرحي تحت عنوان مجموعه اي از دانشمندان بيروت براي شناسانيدن دانشمنداني كه در پيشبرد علمي و تمدني بيروت سهم داشتند، و در رأس آنان مصطفي غلاييني و عبدالرحمان سلام قرار داشتند.

چهره ي كارتوني براي رسوا كردن حكام دست نشانده و بي اراده ي لبنان.

در همين سالها علايلي فعالانه در بسياري از روزنامه ها و مجلات سياسي و مذهبي و ادبي مقاله مي نوشت، و عقيده پيدا كرده بود كه تنها راه اصلاح، تأسيس احزاب ملي است، لذا با بسياري از احزاب همكاري داشت، ولي بطور رسمي در دو حزب عضويت پيدا كرده بود: عصبة العمل القومي (در دهه ي 30)، و حزب التقدمي الاشتراكي [1] (در اواخر دهه ي 40).